显微根尖手术的适应证主要有以下两类人群
♦ 根管（再）治疗难以完全控制感染：根管（再）治疗后，仍然有肿胀不适、有脓包或瘘管等症状，或拍片发现牙齿根尖仍然有炎症，此时说明根管（再）治疗难以完全控制感染导致治疗失败，需要介入显微根尖手术来控制感染。
♦ 不能进行根管（再）治疗或根管（再）治疗风险太大：根管解剖形态变异、根管钙化等情况导致不能进行根管（再）治疗，或根管内有比较粗大的桩，把桩取出来风险和创伤太大，当遇到这些情况时建议选择显微根尖手术来降低风险和创伤。
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