♦ 适应证区别
根管治疗、根管再治疗可治疗牙髓炎和根尖周炎，而显微根尖手术主要针对根尖周炎。牙神经发炎需要先做根管治疗，如果根管治疗失败，再进行根管再治疗或显微根尖手术。根管治疗失败优先选择根管再治疗，当根管再治疗效果不佳或无法进行根管再治疗时，建议选择显微根尖手术。
♦ 创伤大小区别
一般而言，根管（再）治疗是仅处理牙齿；根尖手术需切开牙龈、去除部分牙槽骨和根尖，因此显微根尖手术的创伤大于根管治疗、根管再治疗。
♦ 治疗周期区别
根管治疗的治疗次数较多，一般需2-4次，根管再治疗一般需3-6次。显微根尖手术一般1次完成，并在术后1-2周拆线，治疗后3月、6月、1年来院定期复查。
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